Il comando cd serve solo per cambiare directory non per lanciare un eseguibile
Ho provato con un banale eseguibile che ho in c:\software\pippo.exe
se scrivo cd c:\software\pippo.exe anche a me dice "nome di directory non valido"
Io farei quindi
cd c:\programmi\mysql\mysql server 5.1
(eventualmente con gli apici... boh, se metto dalla radice di c: metto cd documents and settings funziona correttamemte pur avendo spazi...)
e poi (una volta posizionato nella directory corretta) digito mysql mysql -u root -p
Eventualmente puoi fare un .bat con i due comandi uno dopo l'altro...
EDIT: più banalmente scrivi tutto il comando senza il cd iniziale
c:\programmi\mysql\mysql server 5.1\mysql.exe ...