Perché gli Array non vanno eguagliati, ma è il secondo che va popolato:
//faccio una copia del primo vettore
for (var i=0; i<b; i++){
  vett2[i] = vett[i];
}
o più semplicemente, concludi così il ciclo precedente:
    vett[i] = y;
    vett2[i] = y;
}
Resta il fatto che poi
//ordino il secondo vettore
vett2.sort();
seguirà un criterio alfabetico nell' ordinare; ad esempio, 44 viene prima di 9 considerando il primo carattere che compone 44