A parte le considerazioni più o meno di parte, sono approcci completamente differenti quindi non facilmente paragonabili.
Diciamo che Flash oggi è sempre meno importante nel Web ma a parte le considerazioni di ordine pratico uno sviluppatore html avrà sempre a che fare con la grafica, mentre chi fa siti solo in Flash è destinato ad una nicchia sempre più stretta se non si amplia contemplando anche versioni html dei suoi siti.
I motivi vanno ricercati nell'accessibilità dei siti in Flash che è notoriamente bassa, nella complessità della gestione di singole parti del sito, pro sicuramente una più alta fruibilità del sito (se ben fatto) altro non vedo.