usi i css
annidando div in maniera da creare un layout. poi, ti consiglio di leggere i manuali per capire bene come fare il tutto.
e non ti fidare mai troppo di programmi che fanno tutto da soli, sopratutto se sono editor visuali, perchè commettono tanti errori che poi portano a inrimediabili problemi, e spesso tocca reiniziare tutto da capo.