Il fatto è che si può tirare solo a indovinare, visto che lavori su un micro particolare.
Posso solo consigliarti di controllare per bene che i puntatori non usati siano inizializzati a 0, che le stringhe siano lunghe a sufficienza, etc.
Il tuo problema può dipendere da un puntatore che interferisce con la atoi.
Dal poco che hai postato non si può capire molto di più.