Non so se ho capito esattamente quale sia la tua problematica (nel caso, prova a spiegarla meglio con degli esempi), ma è chiaro che l'encoding va fatto solo sul singolo valore di ciascun parametro.

URLEncoder prende una stringa e la trasforma nel formato "application/x-www-form-urlencoded", ovvero il formato appropriato per l'invio di tale dato tramite URL. E' chiaro che se gli passi tutto l'URL, lui converte tutto, come se quello fosse il valore di un parametro.


Ciao.