argomento interessante
credo decisamente di no in quanto dwebpro utilizza mysql per intero quindi l'unico modo è che la crittazione dei file la faccia mysql stesso (ma in quel caso sarebbe possibile leggere il file di configurazione usato per far partire mysql e leggere quindi le chiavi utilizzate per la crittografia)
forse l'unica soluzione è quella di utilizzare la versione embedded di mysql cosi da poter operare direttamente sulle operazioni di scrittura e lettura per codificare/decodificare i dati (se si può fare) o alternativamente si può usare un filesystem che supporti la crittografia e nel contempo che supporti l'accesso selettivo (il driver del filesystem può sapere da chi gli arriva la richiesta, mi riferisco al pid del programma) cosi da abilitare solo mysql
alternativamente, ancora, potete passare più semplicemente a sqlite, crittografandolo, cosi da risolvere il problema