Se il processore va al 100% il problema non è hardware, ma software, visto che la percentuale di utilizzo del processore dipende esclusivamente dallo scheduler del sistema operativo, il quale si occupa di distribuire la CPU ai vari processi che se la contendono.
La domanda che facevo era per verificare se fossero effettivamente i processi coinvolti nell'attività che stai svolgendo ad essere i colpevoli, e non invece un qualche processo in background, magari un servizio con priorità superiore rispetto agli altri programmi, che "svegliandosi" ogni tanto intasa completamente a CPU, impedendo agli altri processi di utilizzarla.