il riferimento alla finestra "madre" per una popup e' opener

Quindi:

opener.location.href="pagina.htm";

Se invece devi/vuoi utilizzare un semplice link devi, prima di aprire il popup, assegnare un nome alla finestra "madre":

top.name = "madre";
window.open(.....

e al link sara' sufficiente assegnare il target a quel nome:

<a href="pagina.htm" target="madre">

ciao