basta che prendi il file swf e lo trascini sul tuo documento indesign. lo posizioni dove desideri...lo ridimensioni insomma fai le tue modifiche.

quando esporti in pdf devi spuntare la casella includi elementi interattivi.

a questo punto dovrebbe essere tutto apposto e l'swf dovrebbe visualizzarsi quando aprirai il pdf.

se così nn fosse perchè magari rimane fermo il clip in flash, basta che nel pdf clicchi col tasto destro sul clip e scegli l'opzione di visualizzazione all'apertura del documento. salvi ed il gioco è fatto.