Allora aspetta.
jse è la tecnologia java di base, sono le regole fondamentali.
J2ee è la tecnologia enterprice di java.
detto questo in netbeans se crei un nuovo progetto j2ee (con tanto di ejb e war) oppure una nuova web application il server te lo fa impostare inizialmente sennò d0ovresti fare il deploy dell'applicazione a mano (copiare il tuo ear all'interno della cartella di deploy fisica del server e lanciare a mano il il server).
Ti consiglio di creare un nuovo progetto che sia enterprice o web ed impostare tutto da 0.
pperciò crei il progetto gli dai un nome scegli il server e così via, importi i driver jdbc per il tuo db crei le tue pagine web e via dicendo.