Sostituisci il tuo codice con questo:
codice:
<script type="text/javascript">
  function check(id) 
  {
     for (var i = 1; document.getElementById("box" + i); i++) 
     {
         document.getElementsById("box" + i).checked = false;
     
     }
     documet.getElementsById(id).checked = true;
  }
</script>

<input name="box1" type="checkbox" id="box1" value="1" onClick="check(this.id)">
<input name="box2" type="checkbox" id="box1" value="1" onClick="check(this.id)">
Non saprei se funziona avendolo fatto in questo momento.

Questo codice dovrebbe deselezionale tutte le checkbox presente nella pagina e selezionare solo quella interessata.

Ovviamente se la prima checkbox, presente nella pagina, a come nome box0, la variabile i, presente nel ciclo for, dovrebbe avere valire 0