Beh, in questo modo però devo fare un mkdir per ogni directory che voglio creare. Considerando che ne ho quasi mille e di file circa diecimila, il discorso si fa complesso...

Cercando in rete ho trovato questo:

Codice PHP:
foreach (glob("/directory/to/upload/*.*") as $filename) ftp_put($ftp_stream, basename($filename) , $filename, FTP_BINARY); 
ma non so come farlo funzionare. In particolare non so cosa assegnare a $ftp_stream e cosa sia FTP_BINARY.