invece di formattare, dovresti spuntare l'opzione Cancella disco, che appunto ti libera tutto lo spazio
Molto probabilmente, hai fdormattato una volta in fat per esempio, e adesso utilizzi ntfs, è chiaro che non vede l'altra partizione.
potresti usare Gparted, che è gratuito per vedere quali partizioni ci sono, quali siano corrotte e di cancellarne e crearne di nuove, importante eseguire gparted come amministratore.

PS usalo solo per la pendrive e scordati di usarlo sul PC, Gparted è motlo potente ma può anche creare danni irreversibili se si tocca qualcosa di sbagliato