Non è affatto facile scrivere un programma che faccia quello che chiedi.

Dipende, in primo luogo, dal tipo di file system su cui operi (FAT16, FAT32, NTFS, ...) ma la difficoltà principale è data dal fatto che devi operare a livello "fisico" nel disco e quindi con del codice che agisca a livello kernel.

Ovviamente è praticamente impossibile "suggerire" del codice in una risposta di un forum, ma è sicuro che dovrai operare in C/C++ a livello kernel.