Ora ho le idee un po' più chiare su quello per cui ti serve lo script!
Quindi quoto la tua ultima frase:

Insomma, non mi direte che per caricare file in maniera "moderna" esiste solo flash...
La risposta è NO, tutt'altro!
Flash si appoggia sicuramente ad un linguaggio lato server per fare l'upload di un file, e sicuramente negli script che hai te (o in quello che ti è stato consigliato) Flash viene usato solo per la parte grafica e di presentazione.

L'upload lo puoi fare sicuramente in PHP, e se cerchi nel forum trovi tantissimi post con codice bello e pronto.

Lo scoglio è un altro: la barra di avanzamento!
Puoi simularne una in Javascript, per esempio, oppure con AJAX, come fa Facebook.

Passo di nuovo la palla a te.
Se cerchi uno script preconfezionato, che faccia tutto quello che cerchi, non saprei come aiutarti.
Ma se sai programmare, oppure se hai la pazienza di ricercare nel forum per uno script, e poi hai problemi ad implementarlo, allora puoi tornare a postare qui!