Devi inserire uno "StartUpModule" nel quale visualizzi la tua SplashScreen(altro non è che una Form, che apri utilizzando ShowDialog), fai tutte le operazioni che desideri e poi apri la Form principale dell'applicazione con Application.Run(NomeFormPrincipale).

Qundi, Oggetto di avvio dell'applicazione è StartUpModule->Apri lo SplahScreen->Apri la form principale.

Se usi un thread separato non risolvi il problema.