#pragma è una direttiva riservata dal C++ per impartire istruzioni speciali e non standard al compilatore. In alcuni casi, ad esempio per cambiare momentaneamente il livello dei warning, le impostazioni di ottimizzazione, per segnalare al linker librerie da linkare, eccetera; qui, ad esempio, trovi i pragma supportati da Visual C++.

#linker potrebbe essere una direttiva completamente non standard che credo abbia qualcosa a che vedere con il linker, ma su cui non ti so dire altro.
Normalmente per impartire istruzioni particolari al linker il compilatore dovrebbe mettere a disposizione un qualche pragma; su VC++, ad esempio, si usa #pragma comment(lib, "nomelibreria.lib") per indicare al linker di linkare una libreria aggiuntiva, o #pragma comment(linker, "opzioni-linker") per fornire impostazioni aggiuntive al linker (si usa comment per varie direttive che di fatto si riducono a piazzare un qualche "commento" nel modulo oggetto).