Le iso non si possono modificare "al volo"; al massimo puoi usare un software che ti crei un drive virtuale, eventualmente estrarre dal disco solo i file che ti interessano e rimasterizzarli. Occhio però che se il DVD in questione ha qualche proprietà "speciale" (settori strani, dati nascosti in altre tracce, ...) così andrà perduta e otterrai un normale DVD dati.
Un'altra possibilità, se sborda di poco dal DVD, è provare a masterizzare in overburn.