avevo un probl simile l'altro giorno, ma quando facevo fclose.
Siccome fopen alloca dinamicamente la memoria, non è che in qualche riga di codice precedente hai un qualcosa che va a 'sporcare' la memoria?
mi spiego meglio
è possibile che in qualche punto del programma (precedente all'apertura del file) tu gli faccia fare al programma delle operazioni 'illegali' che, li per li non danno problema.
Nel mio caso, sforavo un array di due celle che, li per li non dava alcun errore, poi, quando deallocavo memoria, mi spuntava un casino di roba...
prova a fare una debagging con gdb

sciau (e fozza catania)