l'unica cosa che posso dirti, e spesso è l'errore piu frequente, è che Windows non fa distinzione tra caratteri maiuscoli e minuscoli nei nomi delle cartelle, mentre gli altri sistemi si.

detto questo, se hai la cartella Scripts e nella pagina carichi invece un js in "scripts/tuoscript.js" su win (fino a xp compreso) funzionerà,mentre su sistemi Linux based no