Grazie, tutto ok...
codice:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
int main (){
    const int N=100;
    typedef char t_string[N];
    t_string s1,s2,s3,s4;
    int i,j,l,l1,aux,x,k;
    printf("inserisci una stringa: ");
    gets(s1);
    printf("inserisci seconda stringa: ");
    gets(s2);
    strcpy(s3,s1); //copia s1 in s3
    strcpy(s4,s2); //copia s2 in s4
    l=strlen(s1); // lunghezza s1
    l1=strlen(s2); // lunghezza s2
    if (l==l1){
       for(i=0;i<l1-1;i++)
         for(k=i+1;k<l1;k++)
           if(s3[i]>s3[k]){
             x=s3[k];
             s3[k]=s3[i];
             s3[i]=x;
           }
       for(i=0;i<l1-1;i++)
         for(k=i+1;k<l1;k++)
           if(s4[i]>s4[k]){
             x=s4[k];
             s4[k]=s4[i];
             s4[i]=x;
           }  
       if(strcmp(s3,s4)==0) printf("le stringhe sono una anagramma dell altra\n"); 
       else printf("le stringhe non sono una anagramma dell altra\n"); 
  }   
    else printf("non anagramma\n");
    system ("pause");
    return 0;
}