Ti ringrazio, ho applicato il codice e...le comiche!
Riprendendo l'esempio di prima, questo codice risolve il problema precedente, ma fa anche un'altra cosa. In sostanza prende questa:
Codice PHP:
$testo='[url="file"]Questo è il link per il download del documento Fattura.[/url]'; 
e la rende:

Codice PHP:
$testo='Questo è il link per il download del documento Fattura'; 
ovvero elimina i tag <A> che all'interno non hanno tag annidati. (ovvero quelli che dovrebbero essere lasciati intatti)
Io ti ringrazio, ma il mio evidentemente è un modo di ragionare sbagliato a monte.

Purtroppo si tratta di un simil-Wiki dove mi hanno chiesto di evidenziare determinate parole rendendole link. Loro non fanno altro che inserire testo in un editor WYSIWYG (si tratta di un FCKeditor) e capita che debbano inserire stesso da lì altri link. Dato che l'editor mi passa il testo sottoforma di HTML, nel database salvo questi link già con il tag <A>.

Se in questi collegamenti compare una delle parole chiave, allora in visualizzazione lo script che sostituisce quest'ultime purtroppo annida i tag <A>, e non so come evitarlo.