/var/log/apache/ ecc

Poi puoi impostare che PHP logghi gli errori (/etc/php5/apache/php.ini, a memoria).
Proprio da lì scegli dove PHP dovrà loggare.
Occhio a dare permessi sufficienti alla cartella/file che deciderai di far usare a PHP (chmod 777 tuoFile, per farla breve).