A prescindere che vuoi modificare dei parametri del PHP.INI che sono stati messi in quel modo per motivi di sicurezza (quindi la tua è una azione deprecabile di per sé), ma poi ti basta usare, negli script PHP la funzione ini_set(), con gli opportuni paramentri da modificare, negli script per cui serve la modifica al volo dei parametri di cui sopra.
Quantomeno eviti dei danni limitando la modifica solo agli script in cui proprio non riesci a farne a meno!