Sarebbe meglio chiedere se qualcuno ha inteso compiutamente il quesito

Dato che il javascript lavora con entita' numeriche in virgola mobile una tolleranza come da te indicata mi pare assolutamente accettabile.

Se poi vuoi limitare il numero di decimali coinvolti nei calcoli, o meglio nei risultati, usa le funzioni disponibili, per esempio il metodo .toFixed()

ciao