la pagina / vuol dire che qualcuno è andato su www.sito.com;
la pagina index.php vuol dire che è stata aperta la pagina www.sito.com/index.php.
E' vero che sono uguali ma non è detto che siano state aperte allo stesso modo....se tu o qualcuno fa un redirect su index.php allora ecco che vedi i nomi diversi...