mmm, io JS per questo non lo userei... comunque, secondo me hai due opzioni:

1. Fai un pulsante Salva che prende il contenuto HTML delle Zone "Disegnabili" e lo invia tramite AJAX al server che se lo salva in una base di dati.
2. Ad ogni azione (crea rettangolo, amplia rettangolo, sposta rettangolo, etc) modifichi un array che poi invierai tramite una richiesta AJAX al server.

Al caricamento della pagina andrai a scaricare i dati sul lavoro fatto e lo riapplicherai tramite JS.