E' probabile che tu stia leggendo il file da un percorso diverso da quello che ti aspetti, motivo per cui continui a rimuovere, modificare e aggiornare la copia errata del file.

Se stai utilizzando un sistema basato su Vista, controlla che l'applicazione non scriva nella cartella del programma ma sotto Documenti o un'altra cartella con i diritti di scrittura, e che la "virtualizzazione" non sia attiva da parte del sistema operativo.