Ciao, un piccolo consiglio:

per rendere il codice più leggibile scrivi

codice:
    for(i = 0;(i < 50) && (nt1[i] != '/0'); i++)
    for(j = 0; (j< 50) && (nt2[j] != '/0'); j++)
        {
        //debug    
        printf("[%d][%d]",i,j);
        //debug
        if((nt1[i] == nt2[j]) && (nt1[i] != 'S'))
            {
            ritorno = 0;           
            }      
        }