A intuito è la cosa che ho pensato anche io, ma nel css ho esteso ul al 100% e il menu al 100%, anche con firebug mi da i div estesi. Il layout non so come possa cambiare però.

Penso che sia il modulo di login, è sempre nell'header ed è flottato a destra. Però sopra il menu. Ora togliendo il float ho visto che funziona. Ma visto che non si sovrappongono perchè lo fa?