Ho risolto in questo modo, magari può servire a qualcuno
codice:
Clipboard.Clear()
Clipboard.SetDataObject(txtPercorso.Text)
WebBrowser1.Document.GetElementById("file").Focus()
SendKeys.Send("^v")
mi sono accorto poi che non era necessario eliminare "c:\" dalla text percorso.
Con il codice che ho postato adesso non si apre la finestra di dialogo che mi faceva perdere il controllo sul programma, bensì copia il percorso e lo incolla tramite la clipboard.
Non è il massimo dell'eleganza però funziona