mi stupirei piuttosto se qualcuno ti rispondesse!

Non hai dato alcun tipo di informazione sull'applicativo che hai in uso, come ti deve poter rispondere qualcuno?

Comunque, generalmente , in una situazione del genere, ovvero per leggere i dati da sorgenti che hanno la stessa struttura, si utilizzano le union ma, ovviamente, l'applicativo deve gestire questa situazioni va quindi modificato ad-hoc per farlo.

E' moltooo più un problema lato codice php/asp/asp.net/python/ruby/altro-linguaggio che un problema di database vero e proprio

Per maggiori informazioni qui:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/union.html

PS: 100mb non saranno tantissimi, ma considera che sono SOLO dati testuali di conseguenza sono una quantità enorme!