Non ho avuto modo/tempo di visionare tutti gli stadi del tuo sudato lavoro, ma per quest' ultimo farei così:
codice:
<script language="Javascript">

 function send(){
  var answer = confirm('Stai per cancellare il file   ' + 
                        document.forms["main"].elements["cancellami"].value + 
                       '\n\nvuoi continuare?');
  alert(answer);
  if(answer==true){document.forms["main"].submit();};
 }

</script> 

<form name="main" action="bacheca.php" method="post">
              <input type="text" name="cancellami" size="50" />
              <input type="button" name="elimina" value="Elimina File" onClick="send();"/>
</form>
L' invio (il submit) del FORM viene ora demandato a JavaScript con la funzione nativa submit() che è supportata apposta per fare le veci dell' INPUT TYPE="Submit" che muto quindi in un generico TYPE="Button" altrimenti l' azione non potrebbe più venir intercettata da JS (l' invio avverrebbe comunque).

Raccolgo il tutto, anche il confirm() in una function che ho chiamato send() (è una di quelle cose che JavaScript ti lascerebbe anche chiamare Arturo() )
L' alert() è a scopo dimostrativo, ti mostra cosa ritorna il confirm() (true o false) e su questo si basa l' if-statement successivo.


Anche se siamo andati a parare altrove:
Originariamente inviato da webnadia
codice:
              <input type="submit" name="elimina" value="Elimina File" 
onClick="return confirm('Stai per cancellare il file <?php echo $cancF ?> vuoi continuare?');"/>
vorrebbe il semicolon di fine-ragionamento <?php echo $cancF; ?>
che si usa anche in JavaScript, ma che a riguardo è meno intransigente.