se l'eseguibile pdf2swf non e' in una delle cartelle presenti nella variabile d'ambiente $PATH, devi passare ad exec il percorso completo, ad es.
exec('/var/www/vhosts/tuosito/pdf2swf...

Tieni anche presente che exec restituisce l'ultima riga del stdout, quindi se pdf2sww converete il file in maniera silezionsa, tu non vedrai nulla con echo exec(...
Se vuoi vedere lo statuto dell'esecuzione, usa tutti 3 i parametri della funzione exec.