Devi semplicemente mettere il path relativo degli script nel percorso dei file.
Quindi lo script index.php sarà così:
Codice PHP:
<?
include('./modules/header.php'); 
if (isset(
$_GET['page'])) //controllo se è stata richiesta una pagina 

  include(
'./pages/'.$_GET['page'].'.php'); //includo la pagina richiesta 

else 

  include(
'./pages/home.php'); //altrimenti mostro la pagina principale 

include(
'./modules/footer.php');
?>