La questione non è molto chiara... cosa intendi per "file system" ? Un file system è una parte di ogni sistema operativo...

Immagino tu possa intendere il "file server" cioè la macchina nei cui dischi conservate i file su cui lavorate

Sì, si può fare: vmware mette a disposizione dei tools (gratuiti) per trasfomare una macchina fisica in una virtuale; li ho usati molte volte e non ho mai avuto problemi; certo, la macchina virtuale dovrà essere correttamente dimensionata in modo da essere analoga a quella attualmemte in uso e dovrà essere fatta girare in un hardware opportuno...

Ma se queste condizioni vengono soddisfatte non vedo grossi problemi...