..bhe, forse è il caso che studi gli array prima di tutto.

codice:
// array ad una dimensione
int array[] = new int[10]; // Array ad una dimensione che può contenere 10 elementi
codice:
// array molti-dimensionale, array di array
int array[][] = new int[10][10]; // Alloca un array multidimensionale (una matrice) di 10x10
Va da se, che dopo l'esecuzione di questo codice l'array è vuoto! Abbiamo solo allocato memoria per l'array!!

codice:
int n = 10,m=10;

int array[][] = new int[n][m];
// Questi riempiono una matrice
for(int i=0; i<n; i++) {
  for(int j=0; j<m; j++) {
    array[i][j] = i+j; // Inserisco il valore desiderato
  }
}
per riempire un vettore (un array)
codice:
// Scanner....

int array[] = new int[10];
for(int i=0; i<array.length; i++) {
  array[i] = input.nextInt();
}
http://it.wikipedia.org/wiki/Array_in_Java

PS: Ora spengo, indi per cui sino a domani non avrai certamente mie risposte