probabilemente non ci siamo capiti, anche se mi sembrava di aver spiegato la cosa in maniera abbastanza chiara.

in ogni caso, tu hai scritto:
Io sto usando struts2 e il passaggio dei parametri alle varie pagine JSP (pagine normali cioè non popup) lo faccio semplicemte tramite delle action(Java) che nella execute() mi ritornano il valore "success". Nel file struts.xml acchiappo questo valore ritornato e lo gestisco tramite la sintassi

<result name="success" > /pagina1.jsp </result>
alle pagine che tu chiami "normali" come ci arrivi?

Da come ne parli te sembra che con la window.open riesco ad "aprire " una classe java??? com'è possibile sta cosa?!
e' ovvio che una window.open non possa "aprire" delle classi java...

il javascript window.open("actiondaaprireinpopup.action?parametr o1=1&parametro2=2&...",width="300",height="200");

lo metti nella jsp dalla quale vuoi aprire il popup.