La differenza è che un antivirus controlla in tempo reale tutto quello che entra ed esce dal pc.... una scansione online, invece, è una scansione effettuata su richiesta. Non evita di infettarsi. Al limite, agendo a posteriori, tenta di disinfettare (a volte solo di segnalare) un sistema già colpito da malware.
Lo scanner è praticamente un controllo ActiveX che permette la scansione dal browser (IE ovviamente).