allora, l'idea è che tu prenda la stringa e la divida nelle sue parti, ore, minuti e secondi:
codice:
var hourStr; //Metti di avere qui la tua stringa HH:MM:SS

//Taglio la stringa sul :
var pieces = hourStr.split(":");

if(pieces.length != 3){
   alert("La stringa non è correttamente formattata");
}

//Ora in pieces[0] hai le ore, in pieces[1] i minuti ed in pieces[2] i secondi
//Aggiungo i secondi
var seconds = parseInt(pieces[2]);

//Aggiungo i minuti * 60
seconds += parseInt(pieces[1]) * 60;

//Aggiungo le ore * 60 * 60
seconds += parseInt(pieces[0]) * 60 *60;

//Ora in seconds ho il totale dei secondi