Ora come ora non ricordo esattamente come richiamare il comando, ma se hai i permessi di utilizzare la funzione exec() , esiste la possibilità di impostare dei cronjob temporizzati sul server, in questo modo tu lanci il tuo script, questo imposta di chiamare X file con X parametri alla X ora e l'esecuzione termina subito senza dover attendere che le altre azioni siano terminate.

Potrebbe andare?