gli assegna zero
l'assegnamento dello zero non è un problema di quei due for, ma si trova da qualche altra parte.

posta anche il codice della classe Input, così che possiamo testare il progetto

comunque si, c'è un errore mio nel for superiore (quello con la x)
ho scritto un -1 che non centra nulla, in quanto deve controllare sino all'ultimo

codice:
for(int x=0; x<voto.length; x++){
            for(int y=0; y<voto.length; y++){
                if(voto[x]>voto[y]){
                    int app=voto[x];
                    voto[x]=voto[y];
                    voto[y]=app;
                }
            }
        }
in poche parole, sbaglio o vuoi ordinare in modo decrescente i numeri con quei for?