A si è vero, su server linux aruba da la possibilità di peronalizzare il php.ini, però il problema della lentezza del ps non dipende dalla direttiva register_globals.
Non dipende sicuro da essa, perchè register_globals se impostato a true, fa in modo che ogni parametro passato in querystring venga inserito in una variabile chiamata lo stesso nome della querystring, se impostato a false non tale processo non viene eseguito.
Quindi il problema non è register_globals.

Sei sicuro di aver settato tutti i parametri correttamente? E' una cosa temporanea oppure è stato sempre così?