Veramente hai sei agenti (più sei memory leak visto che agente è locale al primo ciclo for e non lo assegni a niente altro ne lo deallochi) e 0 colonne visto che deallochi continuamente features. Solo id sopravvive.

codice:
for (int i=0; i<height; i++)  		
{ 			
       Mio* agente = new Mio (); // qui allochi un agente.
       agente->feature = new float[width]; // qui allochi le features 		 	
       for(int j=0; j<width; j++) 			
       { 				
              agente->feature[j] = matrice[i*width+j];  // qui copi la matrice nelle features			
       } 			
       agente->id = id; 			
       id++; 			
       delete[] agente->feature; // qui deallochi e perdi le features dell'agente.
      // qui perdi pure l'agente allocato. 		
} 
// qui hai un pugno di mosche.
Il codice è inserito in una funzione per caso?