Per criptare il contenuto di un file puoi usare le Crypto API e la CAPICOM2 è la libreria per interfacciarsi da VB6.0 e che ti permettono di utilizzare diversi algoritmi di criptazione.

Qui trovi un banale progetto di esempio in VB6:
http://nuke.vbcorner.net/Progetti/VB...7/Default.aspx

Invece, riguardo a prevenire la cancellazione come ti hanno già detto devi intervenire a livello di sistema operativo, ma solo se sei connesso con le credenziali di Administrator.

Con VB6.0, al massimo, puoi modificare gli attributi del file rendendolo nascosto, read-only, ecc. ma è un metodo che conta come il 2 di briscola, ovvero non serve anulla.