Per prima cosa un grazie sincero per la pazienza e per le risposte!

Il setInterval funziona ma quando arrivo al file pdf fa un refresh eterno della stessa pagina, anche se aggiungo il comando clearInterval();
Se al posto di setInterval metto setTimeout, si blocca la visualizzazione al file pdf.
Cosa posso fare?

codice:
  else if (stringa.indexOf("pdf")!=-1) {   
  document.getElementById("main").style.width="588";
  document.getElementById("main").style.height="680";
  setInterval ('document.getElementById("main").src="'+arrPages[i++]+'"',5000);
  clearInterval ();