Ancora più semplice...

file_da_includere.php
Codice PHP:
<?php
/*mi invento una variabile che se nn esiste blocco tutto*/
if(!isset($var)){exit();}
?>

<div>
<h1>questo è un div che voglio che non sia visualizzabile se non tramite include</h1>
</div>
index.php
Codice PHP:
<?php
/*creo la variabile e poi faccio l'include*/
$var="";
include(
"file_da_includere.php");
?>