Ho tamponato la svista con:

codice:
// Prendo la radice commenti
Element root = document.getDocumentElement();
// Appendo alla radice del documento il nuovo commento
root.appendChild(commento);
Ora appende correttamente il commento, solo che ho dei problemi:

1. Non mi identa correttamente l'XML (è possibile immettere i tabs?)
2. Non riconosce la codifica UTF-8 (immetto il commento da una textarea)
3. Non aggiorna il file del progetto, bensì quello dentro la cartella build (ma forse questo è normale)

Risultato:

<commento title="Prova">
<utente>Mario Rossi</utente>
<testo>Ciao, è una bella giornata.</testo>
</commento>
</commenti>

P.S. Di fatto sta riscrivendo da capo tutto il document? Non c'è modo di appendere il
commento e basta? Sto pensando a cosa possa succedere per grandi file con molti
commenti.