Non ho presente la procedura di cui parli, quando ho scaricato il plugin per flash non mi ha fatto nessuna domanda del genere. L'unica cosa che devi considerare è che per far funzionare la tua applicazione devi "creare" un certificato da includere nella tua applicazione (dovrebbe evitare o limitare l'inserimento di malware all'interno delle proprie applicazioni e "ufficializzarle" in qualche modo).

L'SDK di AIR è gratuito ma non lo sono i programmi di authoring che lo utilizzano (qui c'è da aprire una parentesi per ci sono anche programmi gratuiti per lo sviluppo di applicazioni air, uno su tutti è flashdevelop che funziona alla grande una volta effettuati tutti i settaggi del caso).